里人格真嗣对美里提到的信息，省略了使徒起源和第二次冲击的很多细节。
生命之树最终生出Ada亚当)和Lilith(莉莉丝)。
亚当的老巢存在于的南极地下准球体空洞中，被称为“白之月”。
40亿年前莉莉丝随一块陨石撞击地球，此为第一次冲击，导致生物大灭绝，太平洋一侧的地球物质被甩出，月球因此形成。
撞击坑就是“黑之月”，即莉莉丝之卵，在当今NERV总部位置，这个球体空间跟亚当的白之月是一致的。
亚当及其使徒是地球原住民，而且亚当有个爱好就是种田——播撒生命之种，他用生命之树的树根作为劳动工具，开山劈地，辛苦种田几亿年，地球终于从石头岩浆变得生机勃勃，他很有成就感。没想到被莉莉丝的天地大冲撞灭绝了他的小生命，小弟使徒也被冲击打回胚胎状态陷入沉睡，当然气得大暴走。
为争夺地球霸主地位，两者打得日月无光天地失色，亚当虽然战斗力强悍但早在莉莉丝的冲击中受了重伤，莉莉丝没有生命之果虽然弱了些，横渡星河也要靠月球这个大壳子保护自己，但胜在脑子聪明，力量运用更加灵活多变，好在亚当把生命之树的树根做成叉子当武器，挽回一点劣势，不然莉莉丝早趁他病要他命了。
两人势均力敌，最后两败俱伤，亚当回到白之月长睡不起，沉睡前对各位小弟说，你们将来觉醒后跟我合体再去翻本。莉莉丝也被打得羊水破裂LCL流满大地形成海洋，直到几亿年后NERV建好了还在继续流。
为了寻求再生，莉莉丝向整个LCL海洋散播了自己的智慧种子，地球海洋再次充满生命。源自智慧之果的催化因子能够引导生物的进化方向，朝着智慧种族发展。
几亿年后，由古猿进化而来的智人出现了，其中最强的一支干掉了其他品种的智人同类，脚印迅速遍及全球。他们打破了亚当遵循的“物竞天择适者生存“的进化原则，贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念，通过对工具的运用，获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力，并最终统治了地球。
持续通过LCL散播智慧，令莉莉丝也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人类，则偶尔能从基因记忆里，得到一点点莉莉丝遗留的指点。这些指点，被人类先贤发掘、拼凑、整理出来，形成个各种散碎的神话传说。
其中，比较完整流传下来的记载就是《死海文书》，里面详细记载并预言了使徒的起源和觉醒，以及“人类补完计划”，就是全人类化为LCL灵魂回归莉莉丝之卵，本质是莉莉丝收回力量的过程，却被极端宗教组织SEELE称为洗去原罪，获得救赎的过程。
SEELE在德语中是“灵魂”的意思，经常被称为“魂之座”。SEELE的高级成员一般并不直接露面，都是以声音（Sound_Only）的形式出现的，其数目加上人类补完委员会的成员共计12名，中心人物是基路·洛伦兹议长。本部所在位置不明。SEELE和NERV的关系，就是灵魂与神经，适格者与插入栓的关系。这个极端宗教组织神秘并有很大权利，能调用世界上很多资金，甚至可以干涉联合国事务，手中有《死海文书》，背后操纵整个人类。最终目的是实施“人类补完计划”，其核心理念是“自我赎罪”。
SEELE认为现在的人类是罪恶的，让人类都变橙汁(LCL之海，是一个没有AT力场的世界。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的羊水构成的巨大海洋之内)，这个过程也正是向神赎罪。而且人类并不是单纯的灭亡，而是转化成新的形态，所有人合而为一，成为单一生命体。然而实际上是莉莉丝回收力量恢复实力的阴谋，所幸她失去太多力量导致意志湮灭，唯有灵魂不灭被注入凌波丽体内。
SEELE口中所谓的神，应该是指概念上的神，哲学神而不是指亚当或莉莉丝。因为他们对亚当和莉莉丝的所作所为完完全全是渎神之举。研究复制他们的肉.体，把亚当炸得四分五裂，甚至玩弄控制他们的灵魂，毫无敬畏之心。
人类(无论是肉.体还是心灵)都是由脆弱的物质构成的，非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——引领人类回归原始。人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。不过当然，Seele实施“人类补完计划”的原因并不是想成为神，也不是让人类进化，而是赎罪——向神低头。
葛城研究组在南极发现沉睡的亚当，在死海里发现朗基努斯枪，并证实了亚当的动力源是可以提供无限动力的S2机关，而且也已经取得了关于AT力场的一些实验数据。
他们在冲击发生之日，2000年9月13日，他们是准备做一个“人体接触试验”，根据《死海文书》记载的方法，给亚当注入“人类遗传因子”，而朗基努斯枪用来在S2机关失控的时候对其进行压制。
他们虽然知道朗基努斯枪可以压制S2机关，却不知道朗基努斯枪要是同时接触了力量之果和智慧之果，就会释放出巨大的反AT力场，所谓给亚当注入人类遗传因子，相当于注入了智慧之果的产物。
所以，在试验当天，因为注入了智慧之果(人类遗传因子)的关系，亚当苏醒，力量之果的产物S2机关失去控制，释放巨大的AT力场。
在10分钟后，为了压制亚当的S2机关，葛城研究组把早就准备好的朗基努斯枪插入S2机关，因而释放的巨大反AT力场毁坏了研究所。
又过了34分钟，研究人员对亚当进行反AT力场干涉，意图把亚当的反AT力场的范围限制在了最小范围，并且把亚当的S2机关和连接其上的保险装置(其实就是自爆装置)进行了设定，要是亚当展开了用来补完的反AT力场，自爆装置会引发可以波及整个研究所的爆炸，希望把亚当炸毁。
再经过了若干时间，研究所已没多少活人，葛城教授把他的女儿放入了安全装置后，亚当就释放了身体的全部能量，导致大爆炸，冰川溶解，地轴偏转，地球被灭一半人口。
估计朗基努斯枪的效果无法马上就把亚当压制住，但是后来自爆装置还是把亚当肉.体炸散了，受到干涉的反AT力场的范围也只局限在极地附近。
老碇之所以会在12号离开南极，估计是因为他知道研究所的研究进度，以及《里·死海文书》里的完整记载，所以他知道某个实验计划是会导致灾难的，因此他就离开了，他知道研究所的设备是足以炸散亚当的，这对SEELE也有好处。
亚当形成的光之巨人释放完能量后就挂了，但肉.体永生，被SEELE制成肉干——微缩胚胎，加持偷走后，又被老碇植入手中。
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